Мизурская средняя школа отсчет своего возраста начинает с 1918г., когда Советской властью в Мизуре была учреждена "Фабричная школа", ютившаяся в те годы в одном из бельгийских домов. После нескольких перемещений с одного места на другое, в 1936 г. она прочно и навсегда обосновалась в специально для нее построенном здании у устья р. Бад. В 1956 г. задействовано новое двухэтажное строение. Строительство школьного комплекса завершается 1960 г. с введением в эксплуатацию спортзала.

В 2007 году произошла реорганизация школы путем присоединения филиалов: основная общеобразовательная школа пос. Бурон, основная общеобразовательная школа пос. Верхний Згид. В 2011 году школа переименована в муниципальное казенное общеобразовательное учреждение среднюю общеобразовательную школу пос. Мизур. В 2012 году в состав школы вошло структурное подразделение начальная школа-детский сад. В 2015 году в  состав филиала пос. Бурон вошел детский сад. С 2018 года Постановлением АМС Алагирского района школа переименована в бюджетное общеобразовательное учреждение среднюю общеобразовательную школу пос. Мизур Алагирского района.